К вопросу о выборе потенциальных полей для изучения молекулярной динамики ионных пептидов и их димеров
Данилкович Алексей Викторович, Тихонов Дмитрий Анатольевич, Соболев Егор Васильевич, Шадрина Татьяна Евгеньевна, Удовиченко Игорь Петрович
Филиал института биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Пущинский государственный университет, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
danilkovich@fibkh.serpukhov.su
Аннотация. В работе получены сравнительные данные о влиянии потенциальных полей AMBER ff03, ff99SB и ff96 на результаты экспериментов по молекулярному моделированию димеров, образованных ионными пептидами NH2-(RADA)4-COOH в β-конформации, при двух значениях температуры. Показано, что моделирование в условиях явного водного окружения наиболее информативно по сравнению с неявными методами, при этом использование различных полей сил оказывает существенное влияние на стабильность исходной конформации пептидной молекулы во времени. Сделан вывод о том, что модельная среда ff99SB обеспечивает большую стабильность антипараллельных β-структур в составе димера при 300К, в то время как ff96 не только обеспечивает наибольшую устойчивость исходной конформации пептида к изменению температуры, но также обладает высоким потенциалом удержания молекулой пептида антипараллельной β-конформации, определяющей способность NH2-(RADA)4-COOH к самоорганизации.
Ключевые слова: самоорганизующиеся пептиды, ионные пептиды, молекулярная динамика, AMBER.