Русская версия English version   
Том 10   Выпуск 1   Год 2015
REP-элементы генома Escherichia coli и сигналы транскрипции: позиционный и функциональный анализ

Маркелова Н.Ю., Масулис И.С., Озолинь О.Н.

Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, Россия
Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, Россия

 
Аннотация. В межгенных участках генома кишечной палочки находится 356 участков, содержащих от 1 до 12 повторяющихся последовательностей с вырожденным консенсусом, названных REP-элементами. Их биологическая роль мало понятна, но множественность в геноме, преимущественная локализация между конвергентными генами и способность формировать шпилечные структуры послужили основанием для предположения об участии REP-элементов в терминации транскрипции или стабилизации соответствующих РНК, хотя прямые эксперименты не подтвердили способность модельных REP-элементов останавливать синтез РНК. В данной работе позиционный и функциональный анализ, выполненный для всей совокупности аннотированных REP-элементов, позволил установить факт снижения эффективности сквозного синтеза РНК для многих REP-модулей. Однако часть из них не влияла на процессивность транскрипции, что предполагает возможность регуляторного действия REP-элементов в составе РНК. Были также обнаружены REP-последовательности, после которых синтез РНК усиливался и найдены перекрывающиеся с ними промоторы. Выявлен особый характер расположения REP-элементов относительно промоторных островков, предполагающий вклад повторяющихся модулей в транскрипционную изоляцию островков и их функциональную автономию, а также биологическое значение островковых РНК.
 
Ключевые слова: структурные элементы бактериального генома, REP-элементы, промоторы, промоторные островки, механизмы регуляции транскрипции.
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2015;10(1):245-259
doi: 10.17537/2015.10.245
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2016;11(Suppl):t1-t14
doi: 10.17537/2016.11.t1

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024