¹Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН, Новосибирск, Россия
²Иркутский государственный медицинский университет, Иркутск, Россия
³Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека, Иркутск, Россия
⁴Лимнологический институт СО РАН, Иркутск, Россия
⁵Иркутский государственный университет, Иркутск, Россия

Аннотация. Сальмоне́ллы (Salmonella) – род грамотрицательных, факультативных и неспороносных анаэробных бактерий. Род включает два вида: S. bongori и S. enterica. Все патогенные в отношении человека и животных сальмонеллы относятся к виду S. enterica spp. Он включает в свой состав семь подвидов куда входят более 2500 серотипов. По глобальной статистике они ежегодно вызывают около 2.8 миллиарда случаев диарейных заболеваний, а смертность достигает более 300000 случаев. Особо опасными стали штаммы S. enterica spp, приобретшие множественную лекарственную устойчивость к антибиотикам. На фоне этой глобальной проблемы актуальность приобретает детальное исследование полных геномов различных представителей рода Salmonella. Важную роль в регуляции основных генетических процессов в ходе жизненного цикла и эволюции играют повторы. В работе рассматриваются разнообразные проявления повторности в геномах S. enterica. Учет общих фрагментов разных геномов служит основой для формирования матрицы попарной относительной сложности, использующейся при построении филогенетического дерева. Длинные повторы внутри отдельных геномов, как правило, соответствуют крупным индивидуальным дупликациям. Основное внимание уделено локальным структурным закономерностям, большая часть которых представлена тандемными повторами. Значительный интерес представляют многозначные повторы, такие как тандемные повторы, образующие палиндромы, повторы с регулярными заменами или сложной структурой мономера.

Ключевые слова: бактериальный геном, сальмонелла, сложностные разложения, повторы, локальные структурные закономерности, тандемные повторы.