Русская версия English version   
Том 19   Выпуск 1   Год 2024
Альтернативный сплайсинг при аденокарциноме протоков поджелудочной железы приводит к нарушению регуляции иммунной системы

Фатима А. Абдул Джаббар1, Раваа Аль-Чалаби1, Ахмед Ясин Аль-Тарбули1, Семаа А. Шабан2, Ахмед АбдулДжаббар Сулейман3

1Колледж биотехнологии, Университет Аль-Нахрейн, Джадирья, Багдад, Ирак
2Научный колледж, Университет Тикрит, Тикрит, Ирак
3Научный колледж Анбарского университета, Рамади, Анбар, Ирак

Аннотация. Аденокарцинома протоков поджелудочной железы представляет собой высоколетальное злокачественное новообразование, представляющее значительную глобальную угрозу здоровью и характеризующееся существенным увеличением распространенности и смертности. На долю аденокарцином протоков приходится 90% случаев рака поджелудочной железы. Современные терапевтические подходы, включая иммунотерапию, сталкиваются с проблемами из-за высокой иммуногенности заболевания. Это исследование было направлено на обнаружение дифференциально экспрессируемых иммунных генов, общих для аденокарциномы протоков поджелудочной железы и нормальных образцов из двух наборов данных, полученных из базы данных NCBI GEO. Конвейер RNA-seq использовался для анализа экспрессии генов, а richR облегчал анализ функционального обогащения биологически и статистически значимых генов. Прогнозы клеток иммунной инфильтрации и соответствующих генов, а также их иммунных ответов были сделаны с использованием базы данных ScType и пакета immundeconv. Проверка уровней экспрессии генов проводилась с помощью GEPIA2, Атласа экспрессии и обзора литературы. Кроме того, анализ переключения изоформ дисрегулируемых генов был направлен на выявление альтернативно сплайсированных патогенных изоформ. Примечательно, что четыре иммунных гена (повышенная регуляция EPHA2, пониженная регуляция GNG11, CRHBP и FCER1A) оказались общими в обоих наборах данных. Это означает, что нарушенная регуляция иммунных генов влияет на молекулярные функции, включая связывание белков, активность протеинтирозинкиназы трансмембранных рецепторов, активность протеинтирозинкиназы и связывание кадгерина для активированных генов. Гены с пониженной регуляцией были связаны с активностью ГТФазы и активностью рибонуклеозидтрифосфатфосфатазы. Это исследование предполагает, что выявленные иммунные гены являются потенциальными прогностическими биомаркерами для эффективного лечения аденокарциномы протоков поджелудочной железы. 

 

Ключевые слова: аденокарцинома протоков поджелудочной железы, PDAC, гены альтернативного сплайсинга, иммуноинфильтрирующие гены, дисрегулируемые иммунные гены, иммунотерапевтические биомаркеры PDAC.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2024;19(1):15-35
doi: 10.17537/2024.19.15
опубликована на англ. яз.

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы
Доп. материалы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024