 |
|
 |
 |
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
|
|
| Том 9 Выпуск 2 Год 2014 | ||
Конформационный анализ структурных мотивов типа α-α-уголок в вычислительном эксперименте молекулярной динамики
Руднев В.Р., Панкратов А.Н., Куликова Л.И., Дедус Ф.Ф., Тихонов Д.А., Ефимов А.В. Институт математических проблем биологии РАН, 142290, Пущино, ул. Институтская, д.4
Аннотация. В настоящей работе рассматривается задача распознавания структурных мотивов белков типа α-α-уголков, решаемая с помощью аналитического описания основной цепи белковой глобулы и спектрального метода распознавания повторов. Описывается проведенная верификация найденных структур по конформационному шаблону, охарактеризованному предельными значениями углов на карте Рамачандрана. Методом молекулярной динамики показано, что α-α-уголки с короткой перетяжкой как автономные структуры устойчивы в водной среде.
Ключевые слова: распознавание образов, структурные мотивы белков, анализ конформаций белковых структур, карта Рамачандрана, молекулярная динамика. |
Содержание
Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф. 2014;9(2):575-584 doi: 10.17537/2014.9.575 опубликована на рус. яз. Аннотация (рус.) Аннотация (англ.) Полный текст (рус., pdf) Список литературы
|
|