Русская версияEnglish version   
Том 12   Выпуск 1   Год 2017
Исследование межспиральных углов в структурных мотивах, образованных двумя спиралями

Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Ефимов А.В.

Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация. В данной работе проведен анализ распределения межспиральных углов в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Были разработаны правила отбора спиральных пар в структурах белковых молекул Protein Data Bank. Полученное множество спиральных пар было проанализировано с целью его классификации и установления закономерностей структурной организации. По критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей, полученное множество было разбито на три подмножества. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечения проекций спиралей, охватывает практически весь диапазон углов с одним максимумом в области прямого угла. Большинство пар этого множества составляют спиральные пары, состоящие из α- и 310-спиралей, а множества с пересечением только проекций спиралей – спиральные пары, образованные двумя α-спиралями. Также показано, что образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар множества с пересечением проекций и осей спиралей. При этом значительная часть указанных пар   между осями спиралей имеют острый угол 20° ≤ φ ≤ 60°. Проведен анализ распределения всех типов спиральных пар, принадлежащих различным множествам, в зависимости от длины перетяжки. Показано, что во всех множествах больше всего исследуемых структур с короткой перетяжкой.

Ключевые слова: структурные мотивы белков, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, угол между осями спиралей.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2017;12(1):83-101
doi: 10.17537/2017.12.83
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2018