Стемовые мультиплеты: новый подход к описанию третичных мотивов РНК
Баулин Е.Ф., Ройтберг М.А.
Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Факультет компьютерных наук, Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», Москва, 101000, Россия
Учебный центр математической биологии, Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Московский физико-технический институт, Долгопрудный, Московская область, 141700, Россия
Аннотация. В работе предлагается подход к описанию сложных фрагментов третичной структуры РНК, основанный на понятии стемовых мультиплетов, т. е. элементов структуры, образованных двумя и более стемами. С помощью базы данных структур РНК (
http://server3.lpm.org.ru/urs/) составлен список всех стемовых мультиплетов, встречающихся в базе PDB.
Ключевые слова: пространственная структура РНК, мультиплет, стем, псевдоузел, линк, граф.