Русская версия English version   
Том 18   Выпуск 2   Год 2023
Исследовательский подход к моделированию для улучшения отбора генов с использованием регуляризованной регрессионной модели Кокса

Гада Юсиф Исмаил Абдаллх1, Закария Яхья Алгамаль2,3

1Кафедра механических технологий, Технический институт в Мосуле, Северный технический университет, Мосул, Ирак
2Кафедра статистики и информатики, Мосульский университет, Мосул, Ирак
3Инженерный колледж Университета Варит Аль-Анбия, Кербела, Ирак

Аннотация. Производя необходимые белки, процесс экспрессии генов устанавливает физические свойства живых существ. Экспрессия генов может быть зарегистрирована с использованием различных подходов. В последнее время регрессионный анализ занял видное место в области генетических исследований. Некоторые из генов, выявляемых из многомерной информации об экспрессии генов статистическими методами, могут быть не связаны с  заболеваниями. Точность выявления наиболее сильно экспрессирующихся генов из огромного их множества является одной из основных проблем. В статье описывается подход, который позволяет улучшать результаты существующих методов анализа данных по экспрессии генов. Для цензурированных данных о выживании наиболее широко используемой моделью является регрессионная модель пропорциональных рисков Кокса. Для идентификации важных генов и достижения высокой точности классификации в этом исследовании предлагается новая методика выбора параметра настройки с использованием алгоритма оптимизации. Согласно данным эксперимента, предложенная стратегия работает намного лучше, чем два конкурирующих метода, с точки зрения площади под кривой и количества выбранных генов. В этом исследовании представлена всесторонняя оценка последних работ по оценке эффективности регрессионного анализа при отборе генов. В дополнение к анализу производительности, это исследование проводит тщательную оценку многочисленных усилий, предпринятых в последние годы для различных расширенных моделей, основанных на отборе генов.


Ключевые слова: регрессионная модель Кокса, штрафной метод, отбор генов, алгоритм поиска вороны.

Содержание Оригинальная статья
Ghada Yousif Ismail Abdallh, Zakariya Yahya Algamal An Investigational Modeling Approach for Improving Gene Selection using Regularized Cox Regression Model. Маthematical biology and bioinformatics. 2023;18(2):282-293. doi: 10.17537/2023.18.282
(опубликована на англ. яз.)

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2026