Аннотация. Проблема поиска оптимального сочетания параметров модели Пейярда – Бишопа – Доксуа рассмотрена на примере одной из новых репараметризаций, проведённой в 2010 году N. Theodorakopoulos. Проанализирована связь параметров межсайтового потенциала модели с энтропийным выигрышем при образовании крупных открытых областей ДНК. На основе данного анализа показано, что прямой перенос свойств длинных ДНК на короткие цепочки недопустим в силу разных вкладов энтропии петли при плавлении. Продемонстрирована ошибочность учёта конечного характера стэкинг-взаимодействий «напрямую» через радикальное изменение параметров межсайтового потенциала модели Пейярда – Бишопа – Доксуа.