Метод оценки выполнимости второго правила Чаргаффа. Тестирование правила на бактериальных хромосомах
Панюков В.В.
Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша Российской академии наук, Пущино, Россия
Аннотация. В 1979 году Чаргафф опубликовал математическую формулировку своего второго правила, которое заключается в том, что в каждой из комплементарных цепей двух цепочечной ДНК наблюдается равенство количества аденина количеству тимина и равенство количества гуанина количеству цитозина. Это правило, к настоящему времени, проверено на многочисленных группах последовательностей относящихся к различным организмам и, при небольшом количестве исключений, подтверждено в большинстве случаев, но заключения о выполнимости правила носят скорее качественный чем численный характер. Насколько нам известно, масштабных тестирований правила на бактериальных геномах не проводилось. В предлагаемой работе правило тестируется на 38830 бактериальных невырожденных последовательностях извлечённых из рипозитария NCBI GenBank 2023. Мы осуществляем более полный, чем это принято в литературе, статистический, анализ выполнимости правила в бактериальных геномах. Предложен новый подход к оценке справедливости правила.
Ключевые слова: второе правило Чаргаффа, геномы бактерий, неравенство Высочанского – Петунина