Нанопоровое секвенирование в геномике, метагеномике и эпигеномике: инструменты и алгоритмы анализа
Ерёмин А.А., Сергеев А.В., Зверева М.Э., Хренова М.Г.
Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, Москва, Россия
Аннотация. Нанопоровое секвенирование представляет собой перспективную технологию определения последовательности фрагментов ДНК и РНК. В данной работе рассматриваются современные алгоритмы и программные инструменты, применяемые для анализа данных нанопорового секвенирования в геномике, метагеномике и эпигеномике. В статье описаны алгоритмы наиболее распространенных программных инструментов, включая их преимущества и ограничения. Представленный обзор полезен для исследователей, занимающихся анализом данных нанопорового секвенирования, а также для разработчиков новых методов обработки биоинформатических данных.
Ключевые слова: нанопоровое секвенирование, сборка генома de novo, геномика, эпигеномика, метагеномика, длинные прочтения