Русская версия English version   
Том 5   Выпуск 2   Год 2010
Новые поляризуемые атомные силовые поля для расчета невалентных взаимодействий в явно и неявно заданном водном окружении

Финкельштейн Алексей Витальевич, Переяславец Леонид Борисович

Институт белка Российской Академии Наук, Пущино, Московская обл., 142290, Россия

afinkel@vega.protres.ru
pereyaslavets.l@gmail.com

Аннотация. Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, наведенную молекулярными парциальными зарядами поляризацию и всех атомов взаимодействующих молекул, и окружающего их растворителя. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы параметры всех невалентных взаимодействий атомов и при явном (в силовом поле PFFsubl), и при неявном (в силовом поле PFFsol) учете водного окружения. С оптимизированными параметрами обоих разработанных полей, коэффициент корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной силы когезии молекул в кристаллах составил 93 – 95% и в вакуумном, и в неявно заданном водном окружении.

Ключевые слова: невалентные атом-атомные взаимодействия, поляризация, парциальные заряды, неявный учет водного окружения, молекулярные кристаллы, сублимация, растворимость.

Содержание Оригинальная статья
Финкельштейн Алексей Витальевич, Переяславец Леонид Борисович Новые поляризуемые атомные силовые поля для расчета невалентных взаимодействий в явно и неявно заданном водном окружении. Математическая биология и биоинформатика. 2010;5(2):138-149. doi: 10.17537/2010.5.138
(опубликована на рус. яз.)

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2026