Русская версияEnglish version   
Том 6   Выпуск 1   Год 2011
Поиск низкомолекулярного лиганда для афинной хроматографической очистки фактора свёртывания крови VIII человека молекулярным докингом in silico

Мацкевич Виктор Александрович, Орлова Надежда Александровна, Воробьев Иван Иванович, Юрьев Андрей Серафимович, Воробьев Андрей Иванович

Гематологический научный центр, Российская академия медицинских наук, Москва, 125167, Россия
Институт биоорганической химии им. М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова, Российская академия наук, Москва, 117997, Россия

matskevichv@gmail.com

Аннотация. При отборе группы синтетических лигандов-кандидатов для очистки рекомбинантного фактора свёртывания крови VIII был использован метод докинга in silico. Созданные Кесслером и соавторами пептидомиметические лиганды L3 и L4, которые обратимо связывают молекулу фактора VIII, были использованы как образцовые лиганды сравнения. Предположительные сайты связывания этих лигандов были размещены на поверхности доменов C1 и/или С2 молекулы фактора VIII.
В настоящей работе мы смоделировали взаимодействие лигандов L3 и L4 c предположенными теоретически поверхностями связывания, размещёнными на вершинных областях доменов C1 и C2 фактора VIII. Было обнаружено, что оба образцовых лиганда сравнения связываются с картироваными поверхностями связывания со значительными композитными индексами докинга. Эти поверхности были использованы для докинга библиотек двух поставщиков коммерчески доступных соединений in silico. Конечные композитные индексы докинга наилучших лигандов-кандидатов из обеих библиотек находятся в одном диапазоне, который соответствует образцовым лигандам. Фильтрация исходных библиотек по признаку наличия функциональных групп, за которые лиганды-кандидаты могут быть иммобилизованы на подложку для проверки афинности, специфичности и обратимости связывания, сильно сократило время расчётов при докинге, а добавка (во время подготовки фильтрованной библиотеки к докингу) линкерной группы, за которую лиганд-кандидат мог бы быть иммобилизован на подложку, увеличило химическую релевантность отобранных докингом наилучших лигандов-кандидатов. Группа из малого числа наилучших лигандов-кандидатов будет в дальнейшем проверена на афинность, специфичность и обратимость связывания с фактором VIII.

Ключевые слова: докинг, лиганд, фактор VIII, биотехнология.
 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(1):14-22
doi: 10.17537/2011.6.14
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019