Русская версияEnglish version   
Том 6   Выпуск 1   Год 2011
Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах

Киселев Сергей Сергеевич, Озолинь Ольга Николаевна

Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация. Предложена унифицированная версия компьютерной программы поиска промоторов PlatPromU, базирующаяся на эволюционной консервативности структурной организации бактериального аппарата транскрипции. В отличие от исходного алгоритма PlatProm, оптимизированного для узнавания σD-зависимых промоторов Escherichia coli (E.coli), новая версия не использует весовых матриц, отражающих частоту присутствия консервативных пар в элементах -10 и -35. Её предсказательный потенциал оценивали по способности распознавать известные промоторы Corynebacterium glutamicum (C.glutamicum) — эволюционно удалённого от E.coli микроорганизма. Оказалось, что «чувствительность» PlatPromU сопоставима с предсказательным потенциалом специализированной программы (PlatPromC), адаптированной к узнаванию регуляторных участков C.glutamicum, и выше, чем у исходного алгоритма PlatProm. Это значит, что унифицированная программа, моделирующая только структурно-конформационные свойства промоторной ДНК, может быть рекомендована в качестве инструмента для предварительного поиска регуляторных участков в геномах с неизвестным контекстом специфических элементов.

Ключевые слова: универсальный алгоритм поиска промоторов, аннотация бактериальных геномов.
 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(1):39-52
doi: 10.17537/2011.6.39
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(1):t1-t13
doi: 10.17537/2011.6.t1

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019