Русская версияEnglish version   
Том 6   Выпуск 1   Год 2011
К вопросу о выборе потенциальных полей для изучения молекулярной динамики ионных пептидов и их димеров

Данилкович Алексей Викторович, Тихонов Дмитрий Анатольевич, Соболев Егор Васильевич, Шадрина Татьяна Евгеньевна, Удовиченко Игорь Петрович

Филиал института биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Пущинский государственный университет, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия


danilkovich@fibkh.serpukhov.su

Аннотация. В работе получены сравнительные данные о влиянии потенциальных полей AMBER ff03, ff99SB и ff96 на результаты экспериментов по молекулярному моделированию димеров, образованных ионными пептидами NH2-(RADA)4-COOH в β-конформации, при двух значениях температуры. Показано, что моделирование в условиях явного водного окружения наиболее информативно по сравнению с неявными методами, при этом использование различных полей сил оказывает существенное влияние на стабильность исходной конформации пептидной молекулы во времени. Сделан вывод о том, что модельная среда ff99SB обеспечивает большую стабильность антипараллельных β-структур в составе димера при 300К, в то время как ff96 не только обеспечивает наибольшую устойчивость исходной конформации пептида к изменению температуры, но также обладает высоким потенциалом удержания молекулой пептида антипараллельной β-конформации, определяющей способность NH2-(RADA)4-COOH к самоорганизации.

Ключевые слова: самоорганизующиеся пептиды, ионные пептиды, молекулярная динамика, AMBER.
 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(1):53-62
doi: 10.17537/2011.6.53
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2018;13(Suppl.):t29-t38
doi: 10.17537/2018.13.t29

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019