Русская версияEnglish version   
Том 6   Выпуск 1   Год 2011
Применение метода Монте-Карло для поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах

Руденко Валентина Михайловна, Коротков Евгений Вадимович

Центр «Биоинженерия», Российская академия наук, Москва, 117312, Россия
НИЯУ МИФИ, Москва, 115409, Россия

v.m.rudenko@gmail.com


Аннотация. В статье предложен метод поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах, основанный на обнаружении точек разладки в распределении частот триплетов. Оценка статистической значимости разладки проводилась с помощью метода Монте-Карло. Корректность разработанного метода была продемонстрирована на последовательностях ДНК, содержащих искусственно внесенные в последовательность вставки. На предмет присутствия точек разладки были проанализированы последовательности банка данных KEGG GENES. На уровне значимости 6% было обнаружено, что более 140 тыс. последовательностей содержат точки разладки. Была проведена классификация последовательностей, имеющих точки разладки, по полю description в банке данных KEGG GENES. Оказалось, что большое число этих последовательностей являются псевдогенами, а во многих из них ранее были выявлены сдвиги рамки считывания. Наряду с этими последовательностями точки разладки были идентифицированы в генах, кодирующих PE-PGRS, cation channel family protein, PPE family protein и многие другие белки. Обсуждается связь между наличием в последовательности ДНК точки разладки и сдвигом рамки считывания.

Ключевые слова: последовательность ДНК, рамка считывания, сдвиг рамки считывания, точка разладки, метод Монте-Карло.
 

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(1):79-91
doi: 10.17537/2011.6.79
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019