Русская версия English version   
Том 6   Выпуск 2   Год 2011
Применение вейвлет-преобразования к задаче поиска сайтов начала репликации в ДНК человека

Щербаков Андрей Александрович, Порозов Юрий Борисович

Саратовский государственный технический университет, 410054, Саратов, ул. Политехническая, 77
Санкт-Петербургский государственный университет информационных технологий, механики и оптики, 197101 Санкт-Петербург, Кронверкский пр., 49


andrei_050724@mail.ru

porozov@ifc.cnr.it


Аннотация. Поиск сайтов начала репликации (ORI) в ДНК человека – актуальная для современной биологии проблема. Предложенный нами подход для предсказания положения ORI в человеческом геноме базируется на поиске скрытых зависимостей в последовательностях нуклеотидов при помощи метода сравнения вейвлет-спектров. Подбор параметров вейвлет-преобразования был осуществлен на основе данных о положении некоторых известных ORI в геноме человека. Применение вейвлет-преобразования с найденными параметрами для предсказания ORI в последовательностях с неизвестным расположением сайтов начала репликации и в случайных последовательностях нуклеотидов показало хорошие результаты. Результаты анализа вейвлет-спектров последовательностей нуклеотидов могут быть применены как самостоятельно в качестве индикаторов положения ORI, так и как один из факторов в различных классификаторах, таких, как байесовский классификатор, метод опорных векторов и других. В работе указаны преимущества и недостатки метода и приведены возможные пути повышения его эффективности.

Ключевые слова: вейвлет-спектр, ДНК, спектральный анализ, сайт начала репликации.
 
 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(2):147-160
doi: 10.17537/2011.6.147
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы
Доп. материалы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2022