Русская версия English version   
Том 6   Выпуск 2   Год 2011
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики

Сайк Ольга В., Мошкин Михаил П., Балдин Михаил Н., Грузнов Владимир М., Козлов Владимир А., Самороков Сергей Н., Деменков Павел С., Иванисенко Владимир А., Колчанов Николай А.

Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия
Институт нефтегазовой геологии и геофизики им. А.А. Трофимука, Сибирское отделение Российской академии наук Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия
Институт клинической иммунологии, Сибирское отделение Российской академии медицинских наук Новосибирск, Новосибирская область, 630047, Россия
Институт математики им. С. Л. Соболева, Сибирское отделение Российской академии наук Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия
Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия


Аннотация. Использование летучих биомаркеров в медицине является перспективным направлением развития неинвазивной диагностики. Создание базы данных ProMeDiA на основе интегрированных из разных источников данных о химических соединениях, имеющих потенциальное диагностическое значение, позволяет облегчить планирование экспериментов по неинвазивной диагностике заболеваний. База данных ProMeDiA содержит информацию о потенциальных биомаркерах заболеваний на уровне метаболитов, ферментов, транскрипционных факторов. С использованием базы данных ProMeDiA на примере аспергиллеза, вызванного Aspergillus fumigatus, проведен анализ летучих соединений, участвующих в реакциях, регулируемых ферментами человека, ассоциированными с данным заболеванием, а также ферментов, обнаруженных у грибов вида A. fumigatus. Предложены потенциальные летучие биомаркеры зараженности аспергиллезом. На примере изменений метаболизма при ревматоидном артрите показана возможность применения базы данных ProMeDiA для построения метаболических сетей, что позволяет выявлять потенциальные биомаркеры заболеваний.


Ключевые слова: базы данных, неинвазивная диагностика, летучие биомаркеры заболеваний, метаболиты, белки.
 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(2):250-263
doi: 10.17537/2011.6.250
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2022