Русская версия English version   
Том 6   Выпуск 2   Год 2011
Определение инвариантных элементов структуры третьего вариабельного домена белка gp120 ВИЧ-1

Корноушенко Юрий Валерьевич, Анищенко Иван Владимирович, Тузиков Александр Васильевич, Андрианов Александр Михайлович

Институт биоорганической химии, Национальная академия наук Беларуси, Минск, 220141, Республика Беларусь
Объединенный институт проблем информатики, Национальная академия наук Беларуси,  Минск, 220012, Республика Беларусь

kornoushenko@iboch.bas-net.by
anishchenko.ivan@gmail.com
tuzikov@newman.bas-net.by
andrianov@iboch.bas-net.by

Аннотация. Методами молекулярного моделирования построены статические и динамические модели трехмерной структуры третьего вариабельного домена (петля V3) белка gp120 ВИЧ-1 для четырех различающихся по генетическим и биологическим свойствам модификаций вируса, циркулирующих в странах Восточной Европы, таких как Россия, Беларусь и Украина. Выполнен сравнительный анализ расчетных структур петли V3, позволивший установить ряд закономерностей в пространственной организации этого участка оболочки ВИЧ-1, образующего главную мишень для нейтрализующих антител, а также детерминанту, ответственную за внедрение вирусного генома в макрофаги и Т-лимфоциты. В результате показано, что, несмотря на генетическое разнообразие ВИЧ-1, петля V3 образует как минимум три консервативных структурных мотива, включающих аминокислоты белка gp120, критические для клеточного тропизма. Обнаруженные инвариантные элементы структуры петли V3 ВИЧ-1 рассматриваются как перспективные мишени для создания новых противовирусных препаратов с широким диапазоном нейтрализующего действия.

Ключевые слова: ВИЧ-1, белок gp120, петля V3, трехмерная структура, компьютерное моделирование, консервативные структурные мотивы.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2011;6(2):298-311
doi: 10.17537/2011.6.298
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2022