Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (ИЦиГ СО РАН)
fomin@bionet.nsc.ru
Аннотация. Представлен программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий молекулярных комплексов методом λ-динамики. Для уточнения расчетов разностей свободных энергий между состояниями с изменением заряда L-MOLKERN использует оригинальный метод учета эффектов перераспределения заряда Net-q. Показаны результаты выполненных расчетов (на примере мутаций белка барназы), демонстрирующие улучшение точности расчетов. Продемонстрирована высокая масштабируемость разработанного программного комплекса L-MOLKERN.
Ключевые слова: молекулярная динамика, λ-динамика, разность свободных энергий, поляризация, масштабируемость вычислений.