Русская версия English version   
Том 7   Выпуск 2   Год 2012
Настройка нелинейной модели данных экспериментов с экспрессионными ДНК-микрочипами

Рябенко Е.А.

Факультет вычислительной математики и кибернетики, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, 119991, Россия
НТЦ Биоклиникум, Москва, 115088, Россия


Аннотация. Рассматривается нелинейная модель данных ДНК-микрочипов, в которой интенсивность флуоресценции проб описывается функцией Лэнгмюра. Разработан метод настройки параметров модели на основе общедоступных данных нескольких тысяч экспериментов, основанный на минимизации функции потерь из класса AB-дивергенций; для выбора оптимальных значений гиперпараметров проведены численные эксперименты. Полученная модель описывает интенсивности флуоресценции проб микрочипа точнее стандартной линейной, а полученные на её основе оценки экспрессии более устойчивы.

Ключевые слова: ДНК-микрочипы, суммаризация, модель Лэнгмюра, AB-дивергенция.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2012;7(2):554-566
doi: 10.17537/2012.7.554
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024