Русская версия English version   
Том 7   Выпуск 2   Год 2012
Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей отдельных доменов белков Нос бактериофагов подсемейства Teequatrovirinae

Зимин А.А., Микулинская Г.В., Нигматуллина Л.Ф., Назипова Н.Н.

Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Филиал Института биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация. В данной работе представлены результаты сравнительного исследования иммуноглобулин-подобных доменов в геномах бактериофагов, родственных бактериофагу T4. Предложено использовать белки Hoc для классификации подсемейства фагов Teequatrovirinae. Осуществлен филогенетический анализ отдельных доменов 31 белка Нос бактериофагов подсемейства. Показано, что число доменов в белках Нос у разных бактериофагов подсемейства варьирует от одного до пяти. На основе этого бактериофаги можно разделить на 6 подгрупп. Филогенетическое дерево доменов белков продуктов генов hoc бактериофагов, родственных Т4, образует три основные ветви. Это ветвь С-концевых доменов, ветвь N-концевых доменов и ветвь промежуточных доменов. Обязательное присутствие С-концевого домена во всех белках Нос указывает на его функциональную и структурную значимость для формирования белка и его прикрепления к капсиду фага. Сформулированы гипотетические схемы эволюционного происхождения повторяющихся аминокислотных последовательностей в белках Нос.

Ключевые слова: бактериофаг T4, белок Hoc, иммуноглобулин-подобныe белки, домены, филогенетическое дерево, эволюция белков.
 

Содержание Оригинальная статья
Зимин А.А., Микулинская Г.В., Нигматуллина Л.Ф., Назипова Н.Н. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей отдельных доменов белков Нос бактериофагов подсемейства Teequatrovirinae. Математическая биология и биоинформатика. 2012;7(2):611-631. doi: 10.17537/2012.7.611
(опубликована на рус. яз.)

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы
Доп. материалы Перевод на англ. яз.

Zimin A.A., Mikoulinskaia G.V., Nigmatullina L.F., Nazipova N.N. Comparative Analysis of Individual Domains of Hoc Proteins in Subfamily Teequatrovirinae Bacteriophages. Маthematical biology and bioinformatics. 2018;13(Suppl.):t39-t58. doi: 10.17537/2018.13.t39

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2025