Русская версияEnglish version   
Том 8   Выпуск 1   Год 2013
Компьютерный поиск новых анти-ВИЧ-1 агентов - пептидомиметиков нейтрализующих антител - и оценка их потенциальной ингибиторной активности методами молекулярного моделирования

Андрианов А.М., Кашин И.А., Тузиков А.В.

Институт биоорганической химии, Национальная академия наук Беларуси, Минск, 220141, Республика Беларусь
Объединенный институт проблем информатики, Национальная академия наук Беларуси, Минск, 220012, Республика Беларусь

andrianov@iboch.bas-net.by
lighkia@gmail.com

Аннотация. На основе анализа структурных комплексов пептидов петли V3 ВИЧ-1 из различных модификаций вируса с Fab-фрагментом моноклонального антитела (МКА) 3074, обладающего широкой нейтрализующей активностью, осуществлен компьютерный поиск химических соединений, способных имитировать фармакофорные свойства антиген-связывающего центра этого антитела. Методами молекулярного докинга оценена эффективность связывания найденных соединений с пептидами петли V3 и проведен отбор наиболее вероятных пептидомиметиков МКА 3074. С помощью методов молекулярной динамики и расчета свободной энергии образования комплексов показано, что, как и МКА 3074, отобранные соединения проявляют высокое сродство к иммуногенной “верхушке” петли V3 ВИЧ-1, образующей консервативный структурный мотив, в состав которого входят критические для клеточного тропизма аминокислоты белка gp120 оболочки вируса. В связи с этим, данные соединения рассматриваются как перспективные базовые структуры для создания новых эффективных лекарственных препаратов против СПИДа.

Ключевые слова: ВИЧ-1, белок gp120, петля V3, нейтрализующие антитела, пептидомиметики, компьютерное моделирование, анти-ВИЧ агенты.
 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2013;8(1):119-134
doi: 10.17537/2013.8.119
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019