Русская версияEnglish version   
Том 8   Выпуск 1   Год 2013
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе

Матушкин Ю.Г. , Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.

Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, 630090, Россия
 
 
Аннотация. Ранее был предложен индекс эффективности элонгации трансляции (индекс эффективности элонгации – ИЭЭ), позволяющий адекватно оценивать эффективность экспрессии генов в одноклеточных организмах на основе нуклеотидного контекста кодирующей части генов. Мы проанализировали связь между ИЭЭ и профилем формирования нуклеосом в промоторных районах на выборке генов двух видов дрожжей. Теоретические оценки потенциала формирования нуклеосом (ПФН) были получены с помощью метода Recon. Экспериментальная оценка расположения нуклеосом была получена из данных по высокопроизводительному секвенированию нуклеосомной ДНК в S. cerevisiae. Вычислялся коэффициент корреляции между двумя векторами: вектор значений ПФН для определенной позиции фазированных относительно старта трансляции (AUG) всех последовательностей и вектор значений ИЭЭ для всех последовательностей. Профили коэффициентов корреляции между ПФН и ИЭЭ были получены для (–600; +600) участков, относительно старта трансляции экстрагированных из GenBank последовательностей генов. Для S. pombe: для всех генов и для 15% высокоэкспрессирующихся генов (15% последовательностей с максимальным ИЭЭ) мы нашли участки негативной зависимости между ПФН и ИЭЭ. Для S. cerevisiae: для всех генов и для низкоэкспрессирующихся генов (15% последовательностей с минимальным ИЭЭ) мы нашли участки позитивной зависимости между ПФН и ИЭЭ. Выявленная зависимость между ПФН и ИЭЭ может быть объяснена отбором в процессе эволюции контекстных характеристик последовательностей направленным на оптимизацию экспрессии генов. В высокоэкспрессирующихся последовательностях (высокое значение ИЭЭ) инициация транскрипции должна быть облегчена, следовательно нуклеосомная упаковка в промоторной области не должна быть слишком плотной. Для низкоэкспрессирующихся последовательностей – наоборот. 
 
Ключевые слова: эффективность трансляции, нуклеосомный потенциал, корреляции, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe.
 
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2013;8(1):248-257
doi: 10.17537/2013.8.248
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019