Русская версияEnglish version   
Том 8   Выпуск 1   Год 2013
Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков

Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А., Фадеев С.И., Лихошвай В.А.

ФГБУН Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российская академия наук, Новосибирск, 630090, Россия
Новосибирский государственный университет, Новосибирск, 630090, Россия
ФГБУН Институт математики им. С.Л. Соболева, Сибирское отделение Российская академия наук, Новосибирск, 630090, Россия
 
 
Аннотация. Представлены результаты исследования модели, описывающей утилизацию нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в проточном хемостате. Модель учитывает динамику экспрессии nrf и nir оперонов, кодирующих структуру ферментов, метаболизирующих и транспортирующих нитрит. Показано, что адаптированная к экспериментальным данным модель описывает кинетику накопления нитрита в хемостате в области миллимолярных концентраций добавленного в хемостат субстрата без дополнительных предположений. В данной области, согласно модели, поддерживается постоянная внутриклеточная концентрация нитрита, не зависящая от его концентрации в ростовой среде. Для описания кинетики накопления нитрита в хемостате в области микромолярных концентраций добавленного нитрита требуется введение в модель дополнительного предположения о наличии более высокого уровня активности NrfA нитритредуктазы, чем это следует из генетических исследований.
 
Ключевые слова: моделирование, регуляция экспрессии генов, Escherichia coli, анаэробное дыхание. 
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2013;8(1):276-294
doi: 10.17537/2013.8.276
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019