Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Россия

ozoline@rambler.ru

Аннотация. В работе исследуются необычные участки генома кишечной палочки – мультиспецифичные промоторные островки   имеющие высокую плотность потенциальных точек инициации транскрипции. Они предсказаны алгоритмом PlatPromU без учёта консервативных элементов, распознаваемых σ-субъединицами РНК-полимеразы, и поэтому должны взаимодействовать с полимеразой, в состав которой входят разные σ-факторы. Было установлено, что по структурным и функциональным свойствам эти островки очень похожи на промоторные островки, обнаруженные ранее алгоритмом PlatProm, который был адаптирован к поиску промоторов основного сигма-фактора кишечной палочки – σ70. Так, подобно промоторным островкам, большинство мультиспецифичных островков находится в регуляторной области генов, приобретённых E. coli в результате горизонтального переноса. Для двойной спирали островков характерны большая степень изогнутости и закрученности, чем для обычных промоторов. Оба типа островков лучше, чем обычные промоторы, формируют комплексы с РНК-полимеразой, но хуже их начинают синтез полноразмерных мРНК. В значительной степени эта супрессия объясняется повышенной способностью островков взаимодействовать с гистоноподобным ингибиторным белком H-NS. Однако синтез РНК с промоторного островка, ассоциированного с геном appY, возрастал при его переносе в плазмиду pET28b-eGFP и оказался зависимым не только от наличия мест связывания H-NS, но и от пространственной конфигурации соседних участков. Это значит, что конформационные изменения генома могут увеличить транскрипционную активность островков, предоставив продукты рядом лежащих генов для метаболизма бактериальной клетки.