Русская версия English version   
Том 8   Выпуск 2   Год 2013
Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов

Чалей M.Б., Кутыркин В.А., Тюльбашева Г.Э., Теплухина Е.И., Назипова Н.Н.

Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Московский Государственный Технический Университет им. Н.А. Баумана, Москва, 107005, Россия

 
Аннотация. Представлен анализ данных первого выпуска базы HeteroGenome, содержащей выявленные районы скрытой периодичности в геномах ряда эукариотических организмов. Тандемные повторы с различной сохранностью копий паттерна, включая сильно размытые повторы, были идентифицированы в геномах S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans, и D. melanogaster. Данные были получены с помощью оригинального спектрально-статистического подхода к поиску достоверных районов скрытой периодичности в последовательностях ДНК. Введение двухуровневой структуры представления данных (На первом, неизбыточном, уровне районы скрытой периодичности рассматриваются в целом, на втором уровне – консервативные фрагменты их периодической структуры.) позволило оценить долю покрытия анализируемых геномов районами скрытой периодичности, составляющих ~10% от длины генома. Оценка выведена на основе данных первого уровня. Анализ количественного и качественного состава (по уровню дивергенции) районов скрытой периодичности по всем хромосомам рассматриваемых организмов выявил характеристические типы периодичности в геноме каждого организма. Получены гистограммы плотности распределения районов скрытой периодичности для каждой хромосомы рассматриваемых геномов. Выявлен репертуар длин периодов в геномах. База данных HeteroGenome предоставляет дополнительные возможности анализа содержащихся в ней данных и доступна по адресу: http://www.jcbi.ru/lp_baze/.
 
Ключевые слова: скрытая периодичность, размытые тандемные повторы, анализ генома.
 
 
 
 
 
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2013;8(2):480-501
doi: 10.17537/2013.8.480
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2018;13(Suppl.):t84-t103
doi: 10.17537/2018.13.t84

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024