Русская версия English version   
Том 9   Выпуск 1   Год 2014
Спектрально-статистический подход к распознаванию скрытой профильной периодичности в последовательностях ДНК

Кутыркин В.А., Чалей М.Б.

Московский Государственный Технический Университет им. Н.А. Баумана, Москва, 107005, Россия
Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

 
 
Аннотация. Ранее, авторы настоящей работы ввели понятие скрытой профильной периодичности в последовательностях ДНК. В журнале «Математическая биология и биоинформатика» за 2013 год авторами была опубликована статья, в которой был изложен метод распознавания такого типа скрытой периодичности. Этот метод основан на применении спектрально-статистического подхода (2С-подхода). В своей статье авторы показали эффективность разработанного ими метода и провели его сравнение с известными методами, в частности, с методом информационного разложения (ИР-методом). В ответ на публикацию этой статьи, в журнал был представлен комментарий, авторами которого являются разработчики ИР-метода. Комментарий посвящён критике метода распознавания скрытой профильной периодичности, основанного на 2С-подходе. Из этого комментария следует, что авторы критики либо невнимательно читали текст нашей статьи, либо не знакомы с некоторыми понятиями использованного в ней математического аппарата. Поэтому мы сочли необходимым более подробно изложить теоретические основы метода и обратить внимание на ключевые моменты его применения, которые не были поняты критиками 2С-подхода. В настоящей работе показано, что, в отличие от 2С-подхода, ИР-метод не является самодостаточным методом распознавания скрытой периодичности в последовательностях ДНК и может выдавать некорректные результаты.
 
Ключевые слова: скрытая периодичность, спектрально-статистический подход, скрытая профильная периодичность.
 

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2014;9(1):33-62
doi: 10.17537/2014.9.33
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2022