Русская версия English version   
Том 9   Выпуск 1   Год 2014
Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и гетерохроматической локализации

Федосеева В.Б.

Институт молекулярной генетики, Российская академия наук, Москва, Площадь И.В. Курчатова 2, 123182, Россия 
 
 
Аннотация. Проведен сравнительный анализ ортологических вариантов нескольких генов, входящих в состав гетеро- и эухроматина из разных видов дрозофилид с использованием компьютерных методов, позволяющих вычислять потенциал предпочтительной локализации нуклеосом вдоль фрагментов ДНК и определять спектр размеров областей такого предпочтения и расстояний между их центрами. Выяснено, что общий уровень потенциала нуклеосомной локализации ниже в случае эухроматина, также есть отличия в спектрах линейных размеров областей нуклеосомного предпочтения. В случае гетерохроматина гены light, concertina включают интроны, которые обогащены короткими областями выраженного нуклеосомного предпочтения. Присутствие сильных пиков нуклеосомной локализации ассоциируется с множественными повторами класса LINE и LTR в области интронов, тогда как в области эухроматина их ортологи не содержит соответствующих повторов и столь же протяженных интронов. В последнем случае пики потенциала нуклеосомной локализации для гена light имеют не только меньшую амплитуду, но и размыты до большей ширины. При гетерохроматиновой локализации ген concertina, имеющий самый высокий средний уровень сигнала нуклеосомного позиционирования, экспрессируется на эмбриональной стадии и имеет слабо выраженный эффект положения гена, а ген light с относительно более низким средним уровнем сигнала жизненно необходим для многих стадий развития особи и имеет сильный эффект положения. 
 
Ключевые слова: картирование нуклеосом, ортологи, экзон-интронная cтруктура.
 

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2014;9(1):273-285
doi: 10.17537/2014.9.273
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2022