Русская версияEnglish version   
Том 11   Выпуск 2   Год 2016
Интеграция гетерогенных вычислительных инфраструктур для анализа данных геномного секвенирования

Аулов В.А., Климентов А.А., Машинистов Р.Ю., Недолужко А.В., Новиков А.М., Пойда А.А., Тертычный И.С., Теслюк А.Б., Шарко Ф.С.

Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт», Москва, Россия

Аннотация. Недавние достижения технологий в области геномного секвенирования нового поколения (NGS – Next Generation Genome Sequencing) привели к значительному увеличению объема данных, которые должны быть обработаны, проанализированы и доступны заинтересованным исследователям. Это, в свою очередь, привело к повышению требований к вычислительным платформам обработки данных: потребовалось больше оперативной памяти и более мощные процессоры. Для эффективной обработки данных необходимы принципиально новые подходы в организации вычислений. Авторами статьи было проведено исследование возможности применения методов и подходов, используемых в физике высоких энергий, для объединения гетерогенных вычислительных ресурсов в единую вычислительную платформу. Была разработана полномасштабная система управления данными и заданиями на базе вычислительных мощностей Национального исследовательского центра «Курчатовский институт». В разработанную систему был интегрирован рабочий поток для обработки данных геномного секвенирования с использованием пакета PALEOMIX. Результаты апробации разработанной системы на задаче анализа древней ДНК мамонта показали существенное уменьшение общего времени выполнения задачи.

 
Ключевые слова: распределенные вычисления, суперкомпьютеры, геномное секвенирование.
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2016;11(2):205-213
doi: 10.17537/2016.11.205
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019