Русская версияEnglish version   
Том 11   Выпуск 2   Год 2016
Белок бактериального нуклеоида Dps связывается со структурированными РНК

Быков А.А., Шавкунов К.С., Панюков В.В., Озолинь О.Н.

Институт биофизики клетки РАН, Пущино, Московская область, Россия
Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, Россия
Пущинский научный центр РАН, Пущино, Московская область, Россия
Институт математических проблем биологии РАН — филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация. Для взаимодействия с сахаро-фосфатным остовом ДНК архитектурный белок бактериального нуклеоида Dps использует боковые группы лизинов, расположенные на его N-концевых модулях. Электростатический характер взаимодействия предполагает способность Dps связываться с любой нуклеотидной последовательностью, в том числе с РНК. Имеющиеся данные указывают также на то, что Dps имеет повышенное сродство к разветвлённым структурам в ДНК. В РНК такие структуры формируются гораздо чаще, чем в ДНК. Поэтому в работе исследована способность очищенного и иммобилизованного на акрилатных сферах белка Dps связываться с изолированными из бактериальных клеток короткими РНК и установлено, что предпочтительными мишенями для взаимодействия являются транспортные и малые регуляторные РНК, формирующие стабильные вторичные структуры. Среди РНК, обнаруженных в комплексе с Dps, оказалось 8 транскриптов, соответствующих межгенным пространствам, что может свидетельствовать о наличии в них новых генов. Кроме этого, были зарегистрированы продукты длиной 9–13 нуклеотидов, принадлежащие малым нетранслируемым РНК SdsR и RyeA, транскрибируемым по обеим нитям из одного геномного локуса. Так как число более длинных транскриптов из этой области оказалось, по крайней мере, в пять раз меньшим, можно предположить, что два встречных продукта формируют частично комплементарный дуплекс, подвергающийся контролируемому процессингу. Избирательность Dps к этим молекулам, также как к другим структурированным РНК, указывает на возможность его участия не только в конденсации бактериального генома, но и в поддержании функционального состояния клеточного транскриптома. 

Ключевые слова: Dps, комплексы Dps-РНК, pull-down assay, RNA-seq.

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2016;11(2):311-322
doi: 10.17537/2016.11.311
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2017;12(S):t1-t11
doi: 10.17537/2017.12.t1

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019