Русская версияEnglish version   
Том 11   Выпуск 2   Год 2016
Применение числовой характеристики строя нуклеотидов в геномах прокариот для реклассификации внутри рода Rickettsia

Шпынов С.Н., Гуменюк А.С., Поздниченко Н.Н.

ФНИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи МЗ РФ, Москва
ОмГТУ, Омск, Россия

Аннотация. С целью разработки нового подхода для классификации прокариот геномы представителей семейства Rickettsiaceae были проанализированы с помощью формального анализа строя информационной цепи. Для сравнения геномов использовалась такая числовая характеристика строя, как средняя удалённость. Формальный анализ строя позволяет непосредственно учитывать расположение нуклеотидов в каждой последовательности. Полученные результаты позволили уточнить ранее известную классификацию, выделить внутри рода Rickettsia группу Rickettsia felis, располагающуюся между «предковой» группой и группой клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ), и группу R. akari на границе между группой КПЛ и родом Orientia. Программное обеспечение для анализа нуклеотидных последовательностей с помощью формального анализа строя находится в свободном доступе по адресу: http://foarlab.org.
 
Ключевые слова: Rickettsia, классификация, таксономия, геном, формальный анализ строя, средняя удалённость, межнуклеотидное расстояние.
 
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2016;11(2):336-350
doi: 10.17537/2016.11.336
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019