Русская версияEnglish version   
Том 11   Выпуск 2   Год 2016
Применение метода Тагучи для изучения структуры пептидного лиганда в составе сложного комплекса

Данилкович А.В., Туробов В.И., Соболев Е.В. Удовиченко И.П.

Филиал института биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова Российской академии наук, Пущино, Россия
Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Россия
Институт математических проблем биологии РАН – филиал Федерального государственного учреждения "Федеральный исследовательский центр Институт прикладной математики им. М.В. Келдыша Российской академии наук”, Пущино, Россия
EMBL Hamburg, Гамбург, Германия
 
Аннотация. Для моделирования структуры пептидного лиганда в составе комплекса белков главного комплекса гистосовместимости и Т-клеточного рецептора (PDB ID 2Z31) был использован метод Тагучи, позволивший сократить число экспериментов, требуемых для анализа вклада различных аминокислотных остатков по каждой позиции активного участка молекулы лиганда. В соответствии с методом Тагучи исследован ряд прототипов молекул лиганда в виде пространственных моделей, которые были использованы для молекулярного докинга с оптимизацией структуры комплексов по критерию минимизации внутренней молекулярно-механической энергии. Получена аминокислотная последовательность пептида, которая демонстрирует уменьшение энергии комплекса по сравнению с природным лигандом, что демонстрирует применимость метода Тагучи для оптимизации структуры пептидов с целью разработки новых молекул лигандов.
 
Ключевые слова: метод Тагучи, оптимизация структуры, пространственная модель, первичная структура.
 

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2016;11(2):385-393
doi: 10.17537/2016.11.385
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019