Русская версияEnglish version   
Том 12   Выпуск 1   Год 2017
Вероятность ошибочной классификации гена зависит от достоверности периодичности его экспрессии во времени

Наджафи Ф., Халафи М., Голалипур М., Азиммохшени М.

Департамент статистики факультета науки, Голестанский университет, Горган, Иран
Медицинский центр клеточно- молекулярных исследований, Голестанский университет медицинских наук, Горган, Иран

Аннотация. Классификация генов даёт ценную информацию об уникальных типах экспрессии генов. Периодическая структура экспрессии генов во времени является надёжной характеристикой, на основе которой два гена с одинаковой периодической структурой экспрессии могут быть отнесены к одному классу. Однако сила периодичности (то есть её очевидность или достоверность) может отличаться от одного гена к другому. В работе для определения силы периодичности используются подход Lomb-Scargle и JTK-метод, на основании которых вводятся три типа паттернов цикличности экспрессии генов во времени. Авторы показывают, насколько важна роль очевидной периодичности в экспрессии генов во времени для их различения (дискриминации). В наборе данных генов Saccharomyces cerevisiae авторы выделяют гены с различными типами паттерна такой периодичности, основываясь на временных рядах экспрессии этих генов и сдвигах фазы. Доля ошибочно определённых типов паттерна периодичности значительно возрастает с уменьшением силы периодичности. Для генов с сильно выраженной периодической структурой экспрессии эта доля составляла 20%, в то время как для генов со слабо выраженной такой структурой она достигала 45%. Всего в исследуемом наборе данных выявлено 79% генов со слабо выраженной структурой периодичности их экспрессии во времени, что существенно влияет на результат классификации.

Ключевые слова: дискриминация генов, JTK метод, Lomb-Scargle метод, сдвиг фазы, экспрессия генов Saccharomyces cerevisiae.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2017;12(1):198-203
doi: 10.17537/2017.12.198
опубликована на англ. яз.

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019