Русская версия English version   
Том 12   Выпуск 2   Год 2017
Массовые вычисления электростатических потенциалов и карт молекулярных поверхностей белков и нуклеиновых кислот в распределенной компьютерной среде: организация и алгоритмы

Акишина Т.П., Грохлина Т.И., Зрелов П.В., Иванов В.В., Полозов Р.В., Сивожелезов В.С., Степаненко В.А., Чиргадзе Ю.Н., Яковлев А.В.

Объединенный институт ядерных исследований, Дубна, Россия
Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
Национальный исследовательский ядерный университет "МИФИ", Москва, Россия
Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Россия
Институт биофизики клетки РАН, Пущино, Россия
Институт белка РАН, Пущино, Россия

Аннотация. Важными факторами, определяющими ключевые процессы транскрипции и трансляции в клетке, являются распределения электростатических потенциалов и структуры молекулярных поверхностей нуклеиновых кислот, факторов транскрипции и их комплексов с ДНК. Однако расчеты  электростатических потенциалов и построение карт молекулярных поверхностей требуют много времени и больших вычислительных ресурсов. Для решения этих задач нами разработаны технология и комплекс программ для вычислений в распределенной компьютерной среде, содержащей несколько тысяч процессорных ядер.
 
Ключевые слова: ДНК, РНК, белки, факторы транскрипции, электростатический потенциал, карта молекулярной поверхности, массовые вычисления, распределенная компьютерная среда.
 
Содержание Оригинальная статья
Акишина Т.П., Грохлина Т.И., Зрелов П.В., Иванов В.В., Полозов Р.В., Сивожелезов В.С., Степаненко В.А., Чиргадзе Ю.Н., Яковлев А.В. Массовые вычисления электростатических потенциалов и карт молекулярных поверхностей белков и нуклеиновых кислот в распределенной компьютерной среде: организация и алгоритмы. Математическая биология и биоинформатика. 2017;12(2):354-374. doi: 10.17537/2017.12.354
(опубликована на рус. яз.)

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2025