Русская версия English version   
Том 12   Выпуск 2   Год 2017
Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул

Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Ефимов А.В.

Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия
Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН,  Пущино, Россия

 
Аннотация. В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области 0° и 180°. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из α- и 310-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя α-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области 20°–25°. Образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от –50° до –25°), в области положительных значений (от 20° до 25°) и в области прямого угла (от 70° до 110°).
 
Ключевые слова: структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.
Содержание Оригинальная статья
Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Ефимов А.В. Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул. Математическая биология и биоинформатика. 2017;12(2):398-410. doi: 10.17537/2017.12.398
(опубликована на рус. яз.)

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.

Tikhonov D.A., Kulikova L.I., Efimov A.V. Analysis of the Torsion Angles between Helical Axes in Pairs of Helices in Protein Molecules. Маthematical biology and bioinformatics. 2018;13(Suppl.):t17-t28. doi: 10.17537/2018.13.t17

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2025