Русская версияEnglish version   
Том 14   Выпуск 2   Год 2019
In silico идентификация высокоаффинных лигандов белка gp120 ВИЧ-1 – потенциальных пептидомиметиков нейтрализующего антитела N6

Андрианов А.М.1, Николаев Г.И. 2, Корноушенко Ю.В.1, Хуанг Дж.3, Дзян Ш.3, Тузиков А.В.2

1Институт биоорганической химии, Национальная академия наук Беларуси, Минск, Республика Беларусь
2Объединенный институт проблем информатики, Национальная академия наук Беларуси, Минск, Республика Беларусь
3Лаборатория медицинской молекулярной вирусологии, Школа фундаментальных медицинских наук, Университет Фудань, Шанхай, Китай

Аннотация. Методами виртуального скрининга и молекулярного моделирования идентифицированы шесть потенциальных пептидомиметиков кросс-реактивного нейтрализующего анти-ВИЧ-1 антитела N6, способных имитировать фармакофорные свойства этого иммуноглобулина путем специфических и эффективных взаимодействий с CD4-связывающим сайтом белка gp120 оболочки вируса. Показано, что ключевую роль во взаимодействии этих соединений с белком gp120 играют ван-дер-ваальсовы контакты с консервативными остатками Phe43-полости гликопротеина, критическими для связывания ВИЧ-1 с клеточным рецептором CD4, а также водородная связь с остатком Asp-368gp120, образование которой увеличивает химическое сродство без активации нежелательного аллостерического эффекта. Согласно данным молекулярной динамики, комплексы обнаруженных лигандов с белком gp120 энергетически стабильны и характеризуются более низкими значениями свободной энергии связывания по сравнению с ингибиторами ВИЧ-1 NBD-11021 и (+)-DMJ-II-121, использованными в расчетах в качестве контрольных соединений. На основе полученных результатов сделан вывод о том, что идентифицированные соединения могут рассматриваться в качестве перспективных кандидатов для проведения детальных экспериментальных исследований с целью их дальнейшего использования в работах по созданию новых противовирусных препаратов – ингибиторов проникновения ВИЧ-1, блокирующих ранние стадии развития ВИЧ-инфекции.

Ключевые слова: ВИЧ-1, белок gp120, ингибиторы проникновения ВИЧ-1, виртуальный скрининг, молекулярный докинг, квантово-химические расчеты, молекулярная динамика, лекарственные препараты против ВИЧ.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2019;14(2):430-449
doi: 10.17537/2019.14.430
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019