Русская версия English version   
Том 15   Выпуск 1   Год 2020
Исследование бризерной динамики ДНК в модели с нелокальной связью между нуклеотидными парами

Гераськин Е.И.1, Лахно В.Д.2, Четвериков А.П.1, Шигаев А.С.2

1Саратовский национальный исследовательский государственный университет имени Н.Г. Чернышевского, Саратов, Россия
2Институт математических проблем биологии – филиал ИПМ имени М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия

Аннотация. Предложен вариант модели Пейярда – Бишопа – Доксуа, в котором учтён частично делокализованный характер стэкинг-взаимодействий ДНК. Показано, что нелокальный inter-site потенциал способен приводить к повышению локальной кооперативности открывания баббла и увеличению числа синхронно открывающихся смежных нуклеотидных пар при его зарождении. Изучен процесс формирования и распространения мобильных бризеров, возбуждаемых за счет начальных смещений нескольких нуклеотидных пар. Установлено, что учет в модели ПБД нелокальной связи приводит, при сохранении остальных параметров модели, к уменьшению скорости мобильного бризера и повышению вероятности нуклеации пузырька денатурации. 

 

Ключевые слова: ДНК, мобильный бризер, стэкинг-взамодействия, баббл, нуклеация, модель Пейярда – Бишопа – Доксуа.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2020;15(1):93-105
doi: 10.17537/2020.15.93
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2021