Русская версияEnglish version   
Том 9   Выпуск 2   Год 2014
Конформационный анализ структурных мотивов типа α-α-уголок в вычислительном эксперименте молекулярной динамики

Руднев В.Р., Панкратов А.Н., Куликова Л.И., Дедус Ф.Ф., Тихонов Д.А., Ефимов А.В.

Институт математических проблем биологии РАН, 142290, Пущино, ул. Институтская, д.4
Институт белка РАН, 142290, Пущино, ул. Институтская, д.4

 

Аннотация. В настоящей работе рассматривается задача распознавания структурных мотивов белков типа α-α-уголков, решаемая с помощью аналитического описания основной цепи белковой глобулы и спектрального метода распознавания повторов. Описывается проведенная верификация найденных структур по конформационному шаблону, охарактеризованному предельными значениями углов на карте Рамачандрана. Методом молекулярной динамики показано, что α-α-уголки с короткой перетяжкой как автономные структуры устойчивы в водной среде.

 

Ключевые слова: распознавание образов, структурные мотивы белков, анализ конформаций белковых структур, карта Рамачандрана, молекулярная динамика.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2014;9(2):575-584
doi: 10.17537/2014.9.575
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2019