Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация. В данной работе проведен статистический анализ распределения межспиральных расстояний в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Полученное по определенным правилам множество спиральных пар всех белковых молекул, включенных в Protein Data Bank, разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределения расстояний для спиральных пар, проекции которых не имеют пересечений, имеют более дальнодействующий характер, чем те, проекции которых пересекаются. При помощи регрессионного анализа исследован характер распределений, в частности, показано, что в подмножестве без пересечений распределения различных расстояний между осями спиралей относятся к гамма-распределениям. Показано, что подмножества пар с пересечением имеют с большой вероятностью малое отношение минимального расстояния к межплоскостному, в отличие от подмножества пар без пересечения, где наблюдается противоположная картина. Обосновывается вывод о том, что спиральные пары, проекции спиралей которых пересекаются, дополнительно стабилизируются за счет внутренних взаимодействий. 

Ключевые слова: структурные мотивы белков, спиральные пары в белковых молекулах, точечная модель, статистический анализ, межплоскостное расстояние, минимальное расстояние между осями спиралей.