Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация. Предложена унифицированная версия компьютерной программы поиска промоторов PlatPromU, базирующаяся на эволюционной консервативности структурной организации бактериального аппарата транскрипции. В отличие от исходного алгоритма PlatProm, оптимизированного для узнавания σ^D-зависимых промоторов Escherichia coli (E.coli), новая версия не использует весовых матриц, отражающих частоту присутствия консервативных пар в элементах -10 и -35. Её предсказательный потенциал оценивали по способности распознавать известные промоторы Corynebacterium glutamicum (C.glutamicum) — эволюционно удалённого от E.coli микроорганизма. Оказалось, что «чувствительность» PlatPromU сопоставима с предсказательным потенциалом специализированной программы (PlatPromC), адаптированной к узнаванию регуляторных участков C.glutamicum, и выше, чем у исходного алгоритма PlatProm. Это значит, что унифицированная программа, моделирующая только структурно-конформационные свойства промоторной ДНК, может быть рекомендована в качестве инструмента для предварительного поиска регуляторных участков в геномах с неизвестным контекстом специфических элементов.

Ключевые слова: универсальный алгоритм поиска промоторов, аннотация бактериальных геномов.