 |
|
 |
 |
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
|
|
| Том 7 Выпуск 2 Год 2012 | ||
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда
Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (ИЦиГ СО РАН) Аннотация. Представлен программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий молекулярных комплексов методом λ-динамики. Для уточнения расчетов разностей свободных энергий между состояниями с изменением заряда L-MOLKERN использует оригинальный метод учета эффектов перераспределения заряда Net-q. Показаны результаты выполненных расчетов (на примере мутаций белка барназы), демонстрирующие улучшение точности расчетов. Продемонстрирована высокая масштабируемость разработанного программного комплекса L-MOLKERN. Ключевые слова: молекулярная динамика, λ-динамика, разность свободных энергий, поляризация, масштабируемость вычислений. |
Содержание
Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф. 2012;7(2):398-409 doi: 10.17537/2012.7.398 опубликована на рус. яз. Аннотация (рус.) Аннотация (англ.) Полный текст (рус., pdf) Список литературы
|
|