Поиск парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов
Пугачева В.М., Коротков А.Е., Коротков Е.В.
Центр «Биоинженерия», Российская академия наук, Москва, 117312, Россия
virentis@gmail.com
genekorotkov@gmail.com
Аннотация. В настоящей работе был разработан математический метод для поиска парных сдвигов фазы триплетной периодичности которые могут представлять собой потенциальные сдвиги рамки считывания в генах, возникающие при вставках сравнительно больших фрагментов ДНК. Был разработан программный комплекс на основе предложенного математического метода и проверено присутствие парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов. Наши результаты показывают, что примерно 1% бактериальных генов в 17 изученных геномов имеют такой парный сдвиг фазы триплетной периодичности. В статье разработан метод визуальзации парных сдвигов фазы триплетной периодичности и приведены примеры таких парных сдвигов. Результаты работы нашли частичное подтверждение при поиске подобий аминокислотных последовательностей, созданных по альтернативным рамкам считывания. Обсуждается связь парных сдвигов фазы триплетной периодичности со сдвигами рамки считывания в генах.
Ключевые слова: триплетная периодичность, рамка считывания, сдвиги, фаза.