 |
|
 |
 |
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
|
|
| Том 7 Выпуск 2 Год 2012 | ||
Поиск парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов
Пугачева В.М., Коротков А.Е., Коротков Е.В. Центр «Биоинженерия», Российская академия наук, Москва, 117312, Россия Аннотация. В настоящей работе был разработан математический метод для поиска парных сдвигов фазы триплетной периодичности которые могут представлять собой потенциальные сдвиги рамки считывания в генах, возникающие при вставках сравнительно больших фрагментов ДНК. Был разработан программный комплекс на основе предложенного математического метода и проверено присутствие парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов. Наши результаты показывают, что примерно 1% бактериальных генов в 17 изученных геномов имеют такой парный сдвиг фазы триплетной периодичности. В статье разработан метод визуальзации парных сдвигов фазы триплетной периодичности и приведены примеры таких парных сдвигов. Результаты работы нашли частичное подтверждение при поиске подобий аминокислотных последовательностей, созданных по альтернативным рамкам считывания. Обсуждается связь парных сдвигов фазы триплетной периодичности со сдвигами рамки считывания в генах. Ключевые слова: триплетная периодичность, рамка считывания, сдвиги, фаза.
|
Содержание
Оригинальная статья
Пугачева В.М., Коротков А.Е., Коротков Е.В. Поиск парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов. Математическая биология и биоинформатика. 2012;7(2):461-475. doi: 10.17537/2012.7.461 (опубликована на рус. яз.) Аннотация (рус.) Аннотация (англ.) Полный текст (рус., pdf) Список литературы Перевод на англ. яз. Pugacheva V.M., Korotkov A.E., Korotkov E.V. Searching Pair Points of Triplet Periodicity Phase Shifts in the Genes of 17 Bacterial Genomes. Маthematical biology and bioinformatics. 2012;7(2):t3-t15. doi: 10.17537/2012.7.t3 Полный текст (англ., pdf)
|
|