Русская версия English version   
Том 7   Выпуск 2   Год 2012
Метод интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM для исследования термодинамики самоорганизующихся ионных пептидов

Соболев Е.В., Данилкович А.В., Тихонов Д.А.

Институт математических проблем биологии РАН, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Филиал института биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН, Пущино, Московская область, 142290, Россия
ГОУ ВПО Пущинский Государственный Естественно-научный Институт, Учебный Центр на базе ФИБХ РАН, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация. Для изучения термодинамических характеристик комплексов самоорганизующихся ионных пептидов была применена модификация метода RISM с использованием средней матрицы внутримолекулярных корреляционных функций. Данный подход эффективен при анализе, как свободной энергии, так и структуры сольватной области макромолекул, для которых существует большие выборки конфигурационных состояний. Для расчетов свободной энергии, наряду с приближенными формулами был использован метод численного термодинамического интегрирования. Сравнение результатов расчетов свободной энергии разными способами показало, что использование метода термодинамического интегрирования позволяет получить наиболее адекватные величины энергий взаимодействия пептидных наноструктур в составе протофиламента. Сделаны выводы о применимости различных способов вычисления величин свободной энергии для изучения ионных пептидов и их комплексов.

Ключевые слова: интегральные уравнения, теория жидкостей, RISM, средняя матрица, энергия Гиббса, самоорганизующиеся структуры, ионные пептиды.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2012;7(2):493-507
doi: 10.17537/2012.7.493
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024