¹Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
²Омский государственный медицинский университет Минздрава России, Омск, Россия
³Московский государственный технический университет им. Н.Э. Баумана, Москва, Россия

Аннотация. Предлагается метод распознавания вида флавивируса, включая распознавание подтипа, по последовательности его генома. Метод основан на использовании частотных характеристик кодонов аминокислот в полных кодирующих последовательностях полипротеинов. Высокая надежность этого метода подтверждается при распознавании 15 групп геномов флавивирусов различных видов и подтипов, имеющих достаточное количество представителей в GenBank. Рассматриваются десять различных видов флавивирусов, четыре подтипа вируса лихорадки денге и вирус Кунджин, как подтип вируса лихорадки Западного Нила.

Ключевые слова: геном флавивируса, скрытая профильная триплетная периодичность, частоты кодонов аминокислот, распознавание вида флавируса.