Русская версия English version   
Том 14   Выпуск 2   Год 2019
Распознавание видов флавивирусов на основе кодирующих последовательностей полипротеинов

Чалей М.Б.1, Тюлько Ж.С.2, Кутыркин В.А.3

1Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
2Омский государственный медицинский университет Минздрава России, Омск, Россия
3Московский государственный технический университет им. Н.Э. Баумана, Москва, Россия

Аннотация. Предлагается метод распознавания вида флавивируса, включая распознавание подтипа, по последовательности его генома. Метод основан на использовании частотных характеристик кодонов аминокислот в полных кодирующих последовательностях полипротеинов. Высокая надежность этого метода подтверждается при распознавании 15 групп геномов флавивирусов различных видов и подтипов, имеющих достаточное количество представителей в GenBank. Рассматриваются десять различных видов флавивирусов, четыре подтипа вируса лихорадки денге и вирус Кунджин, как подтип вируса лихорадки Западного Нила.

Ключевые слова: геном флавивируса, скрытая профильная триплетная периодичность, частоты кодонов аминокислот, распознавание вида флавируса.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2019;14(2):533-542
doi: 10.17537/2019.14.533
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2020