Кафедра химии, Университетский колледж науки, Сайфабад, Османский университет, Хайдарабад, штат Телангана, Индия

Аннотация. Ангиогенез - образование  кровеносных сосудов - является критическим и ограничивающим скорость роста опухоли этапом, контролируемым проангиогенными факторами и специфическими ингибиторами. Опухолевой ангиогенез необходим для прогрессирования рака и метастазирования. Факторы роста тромбоцитов (PDGF) и их рецепторы (PDGFR) связаны с ангиогенезом опухоли посредством сверхэкспрессии PDGF. Ингибирование PDGF и его сигнального пути представляет собой новый подход к открытию противоопухолевых терапевтических средств. Настоящее исследование, направленное на идентификацию новых антиангиогенных соединений, фокусируется на белке PDGF-C. Программное обеспечение MODELLER 9.10 позволяет пользователям создавать и уточнять трехмерную гомологическую модель белка PDGF-C (длиной 345 а.о.). Анализ вторичной структуры трехмерной энергетической модели показывает 16 β-листов, удерживаемых вместе четырьмя взаимодействиями катион-π и одним π-σ взаимодействиями, а также тремя солевыми мостиками. Качество модели оценивается с использованием графика Рамачандрана (90 процентов аминокислот в благоприятной области) и сервера ProSA (Z-оценка = -2,28). Остатки активного сайта идентифицируют с использованием Castp, поисковой системы QSite, карты сайта и стыковки белка с его рецептором. Кроме того, на активном участке выполняется виртуальный скрининг с помощью модуля Glide пакета Schrodinger Suite. Показатель скольжения, энергия скольжения и ADME измеряются, чтобы обнаружить новые преимущества каркасов пиразолона и пирролидин-2,3-диона в качестве мощных антагонистов PDGF-C для химиотерапевтических препаратов против ангиогенеза рака.

Ключевые слова: ангиогенез, антагонисты PDGF-C, опухолевой патогенез, метастазирование, антиангиогенез, виртуальный скрининг.